4月13日，交通运输部发文要求深入贯彻党中央国务院决策部署，按照“一断三不断”要求，统筹做好水路运输安全生产、疫情防控和保通保畅工作，全力保障粮食、能源、化肥等重点物资和集装箱水路运输稳定畅通。
　　交通运输部表示正全力以赴保障上海港畅通运转。上海市交通委、上海国际港务集团积极协调国际班轮公司保障在上海港挂靠的航线航班和舱位投入，不得随意减少挂靠上海港；会同当地商务等部门督促货主、货代企业尽快从港口提离本地集装箱货物；加强区域联动，用好集卡车辆通行证，保障集卡车辆进出港畅通。
　　交通运输部要求，着力加强港口集疏运保障。对进出港口码头的集疏运货运车辆，各地要实行“港区-公路通行段-目的地”全链条的闭环管理和点对点运输。发挥区域联动优势，推动集装箱集疏港运输“公转水”“公转铁”。
　　加强航道检测科学合理设置防疫检查点
　　对于内河航道，交通运输部表示，严禁擅自阻断航道、关闭船闸，各地已迅速开展自查自纠，确保航道船闸畅通。
　　交通运输部要求省级交通运输主管部门、长江航务管理局、珠江航务管理局等部门要加强内河航道和通航建筑物运行维护和监测，及时解决航道、船闸拥堵等问题，严禁擅自阻断航道、关闭船闸，确保运输通道畅通。
　　各地交通运输主管部门要加强与当地卫生健康等部门沟通协调，航道、船闸原则上不设置防疫检查点，确需设置的应报请当地设区的市级人民政府联防联控机制批准同意，同一条航道只设置一个防疫检测点，且配套设置核酸检测点。
加强主要外贸航线
　　运力保障
　　对于外贸航线，交通运输部相关负责人表示，要加强主要外贸航线运力保障，着力加强国际航运服务。
　　此外，交通运输部表示，班轮公司、港口企业要加强与内支线运输企业、货主企业、货运代理、集卡车队等沟通衔接，积极推进在线服务办理和港口作业单证、提货单、海运提单等单证电子化流转。
　　长三角等重点区域要按照部相关文件要求，落实好香港籍外贸集装箱船舶自引自靠政策，充实引航员力量，保障国际船舶航行及靠离泊作业安全。